Τα μέλη του Δ.Σ. εκλέγουν την επταμελή Διοικητική Επιτροπή (Δ.Ε.): τον Πρόεδρο, τον Α’ και Β’ Αντιπρόεδρο, το Γενικό Γραμματέα, τον Οικονομικό Επόπτη, τον Υπεύθυνο ΓΕΜΗ και τον Υπεύθυνο Συμβουλευτικής Επιχειρήσεων. Η Διοικητική Επιτροπή είναι υπεύθυνη και αρμόδια για την καθημερινή εύρυθμη λειτουργία του Επιμελητηρίου Χανίων.
Σήμερα, η σύνθεση της Δ.Ε. του Επιμελητηρίου Χανίων είναι η ακόλουθη:

Ο Πρόεδρος του Επιμελητηρίου Χανίων Αντώνης Ροκάκης
Πρόεδρος: Αντώνης Ροκάκης
Α’ Αντιπρόεδρος: Σταύρος Χατζηδημητρίου
Β’ Αντιπρόεδρος: Γιάννης Μαργαρώνης
Γενικός Γραμματέας: Γιώργος Ζυμβραγάκης
Οικονομικός Επόπτης: Νίκος Ηλιάκης
Υπεύθυνος ΓΕΜΗ: Γιώργος Πατεράκης
Υπεύθυνος Συμβουλευτικής Επιχειρήσεων: Δημήτρης Μουντάκης